一、計畫目標：為了提升海峽兩岸在生物多樣性科學研究的學術能量及品質，強調彼此的互補，透過合作共同發展，藉以促進兩岸科研技術交流與提升我國生物與環境資源監控管理能力。
二、兩岸共同研究重點項目：
(一)物種多樣性
　1、東喜馬拉雅與台灣生物區系隔離分化的式樣與形成機制
　2、西太平洋地區海洋物種多樣性格局與變化
(二)遺傳多樣性
　1、重要生物資源的功能基因體(Functional genomics）
(三)生態系統多樣性
　1、極端環境事件與人為因素對生態系統多樣性的影響
　2、物種共存與生態系統維持機制
三、計畫申請：
(一)計畫主持人資格：依科技部補助專題計畫作業要點之規定。
(二)申請方式與時間：依科技部補助專題研究計畫作業要點，至科技部網站線上申請計畫，並於民國103年8月26日(二)前完成線上申請作業，逾期不予受理。
(三)執行期程：自民國104年1月1日開始執行，計畫期程為3年。
四、審查：依科技部專題研究計畫審查方式，辦理初、複審。必要時，得邀請計畫主持人簡報。
五、特殊規範：(請將協議書相關文件置於C012研究計畫內容中)
(一)兩岸主持人共同提出之議題，應備雙方簽署之協議書，協議書內涵至少應包括：研究課題中英文名稱、雙方執行單位與計畫主持人、研究任務分工與作法、研究期限、研究成果之智慧財產權的分配及其他備註事項等。
(二)請於計畫名稱後加註括號說明：(兩岸合作研究)
六、計畫如屬政府資助敏感科技研究計畫項目者，不得申請本項經費。
七、其他注意事項：
(一)每位主持人以申請一件研究計畫為限，獲審查推薦補助之計畫列入執行科技部專題研究計畫件數計算。
(二)本計畫屬專案計畫，無申覆機制。
(三)計畫承辦人：陳鈴蘭副研究員 TEL:02-2737-7611,E-mail:llchen@most.gov.tw